停止杀戮后，明军开始在城内搜剿财物，尤其是寺庙和两大土司的腹地，更是被翻了底朝天，当然，因为是明军的敌人，普通的民宅也被明军彻底搜查了一遍。
明军将欺压藏民和汉人百姓的林葱、德格两大土司，连同他们的家人，全部当众处决。
但城内大量的藏民与蒙人，让林呈祥非常头痛。
整个客木地区，原来有藏人八万多，加上和硕特部的蒙古人，总数超过十四万，明军到来后，这些人绝大部分躲在城内，现在任由明军处置。
如果将这些人全部杀了，城外还有许多藏民，一旦讯息走漏出去，将来明军肯定会成为藏民眼中的魔鬼妖怪，难以收复藏民的心，如果让他们恢复自由，这么多的藏人蒙人，必定牵制明军大量的兵力，林呈祥还要西征，他不可能在此留下大量的士兵。
不知道从什么时候开始，城内流行一种谣言：明军极为仇视蒙古人，一定要斩尽杀绝，每个藏人只要杀死一名蒙古人，不论老弱妇幼，他都可以获得明军的宽恕，恢复自由。